Прилепенское сельское поселение расположено в западной части Чернянского района, входящего в состав Белгородской области, граничит на востоке с Русскохаланским сельским поселением, на юго-востоке – с Ездоченским сельским поселением, на севере – с Кочегуренским и Ольшанским сельскими поселениями, на западе – с Лозновским сельским поселением и Корочанским районом, на юге – с Новооскольским районом, имеет связи с ними посредством существующей автомагистрали регионального значения и автодорог местного значения.
В состав Прилепенского сельского поселения входят четыре населенных пункта:
- село Ковылино
- село Верхнее Кузькино (Кузькин Верх)
- село Прилепы
- хутор Водяное